作为无毒昆虫类小动物，天敌较多，它能生存繁衍至今，表明它有一定的避敌防病能力。但有些病虫害对它也有很大的杀伤力，如螨虫和肠炎之类，有时甚至会导致它们大量死亡。在人工饲养过程中，防治土元的病虫害是日常必须做好的一项重要工作。土元经常发生的病害主要有生理性病害、真菌性病害和线虫病;虫害以蚂蚁为主，其他动物的危害有螨虫、蜘蛛、家鼠、壁虎、蟾蜍、蝎、鸡、鸭、猫等。由于人工养殖土元为群体高密度饲养，一旦发生有害生物的危害，将会造成较大的损失，有时甚至会"全军覆没"。因此，在防治上应掌握"预防为主"、"防重于治"、"及时"的原则。